God of War III inicia imediatamente no final de God of War II, com Kratos montado em Gaia e os outros Titãs escalando o Monte Olimpo em encontro aos deuses. No topo da montanha, Hermes, Poseidon, Hades e Helios se preparam para a batalha. Depois de matar Poseidon, causando uma inundação maciça, Kratos e Gaia chegam a Zeus, apenas para serem derrubados do Monte Olimpo por um raio dele. Como Gaia tenta subir de volta, Kratos começa a escorregar para trás. Gaia diz que não pode ajudá-lo e que a guerra dos Titãs com os deuses é mais importante que a vingança de Kratos, e ele cai do Olimpo enquanto Gaia tenta se segurar.
Durante a queda, Kratos e a Blade of Olympus são separados, com Kratos caindo no rio Estige. Ele nada até a margem, mas conforme vai se aproximando da borda, as almas do submundo tiram suas forças, diminuindo sua barra de vida, e de magia, tirando todos os seus red orbs e deixando as Athenas Blades completamente inutilizáveis. Emergindo do rio, Kratos encontra o espírito de Athena, que lhe dá as Blades of Exile, em troca de sua confiança. Mais tarde, Kratos recupera a Blade of Olympus e com Athena mais uma vez para guiá-lo, sai em busca de Zeus. Emergindo do Submundo, depois de matar Hades e roubar sua alma, Kratos encontra Gaia, a causadora de sua queda, tentando voltar à guerra no Monte Olimpo. E com raiva por ela negar sua vingança contra Zeus, Kratos corta a mão dela fora, fazendo-a cair.
Durante o caminho, Kratos elimina Helios. E após uma longa jornada, Kratos descobre que a caixa de Pandora continua a existir depois do seu encontro com Ares. Protegida pela Flame of Olympus (Chama do Olimpo), seu conteúdo é dito ainda ser capaz de matar um deus, Athena explica para ele que a única maneira de extrair a Flame of Olympus é achar Pandora, que é a chave para a caixa poder ser aberta novamente. Mas a frente ele derrota Hermes, cuja morte libera uma praga que assola o resto da humanidade. Em seguida ele encontra com seu irmão, Hercules, Kratos o mata e adquiri as Nemean Cestus (Cestus de Neméia). Quando Hefesto descobre os planos de Kratos de encontrar Pandora, ele sugere que Kratos vá para o Tartáro em busca da Omphalos Stone, para que Hefesto pudesse criar uma arma digna de um Deus da Guerra. Sendo que na verdade sua real intenção era matar Kratos para que ele não chegasse a encontrar Pandora, mas Kratos não sabia que em sua ida até lá, teria de encontrar com Cronos, e matá-lo, sem comentar o fato de que a pedra estava dentro do próprio titã. Depois de matar Cronos, e entregar a pedra a Hefesto, Kratos recebe a Nemesis Whip (Chicote de Nemesis), e Hefesto tenta matá-lo logo após dar a arma, numa tentativa de salvar Pandora, sua filha. Kratos anda por diversos lugares, indo e voltando por vários locais, viajando pelas Chains of Balance, correntes que ligam o Monte Olimpo e o submundo, e acaba encontrando Pandora, trazendo-a para aonde esta sua caixa.
Kratos e Pandora emergem do labirinto onde sua caixa está. Lá, eles encontram Zeus. Kratos o ataca, e começa a 1ª parte da batalha final do jogo. Depois de Kratos derrubar Zeus, Pandora sacrifica-se para abrir a caixa de Pandora, contra a vontade de Kratos. Ele abre a caixa, só para descobrir que ele está vazia. Furioso, Kratos reencontra Zeus em um local nas proximidades, onde novamente se envolvem em uma batalha. No meio da batalha, Gaia emerge e decidi esmagar ambos, pelo fato de que ela considerava que Kratos que tinha traido os titas. Para evitar seu ataque, eles pulam dentro de Gaia através de um buraco perto de seu pescoço. Dentro de Gaia, Kratos e Zeus batalham, terminando com Kratos transplantando tanto Zeus quanto o coração de Gaia com a Blade of Olympus, destruindo a Titã com Zeus junto. Aparentemente morto, Zeus libera seu espírito para atacar Kratos, deixando-o desarmado. Com o espírito de Zeus prestes a matá-lo, Kratos entra dentro de sua própria mente. Lá, ele finalmente perdoa a si mesmo por seus pecados passados, e aprende que a esperança é a sua arma mais poderosa. Voltando a si, Kratos acorda, luta e finalmente destrói o espírito de Zeus.
O espírito de Athena aparece, exigindo a Kratos o poder que tirou da caixa de Pandora. Ele responde que estava vazia, o que Athena não acredita. Athena explica que, quando Zeus prendeu o mal do mundo dentro da caixa, ela temia o que poderia acontecer, caso ela viesse a ser aberta, e colocou seu próprio poder dentro da caixa, a esperança. Ela então percebe que, quando Kratos abriu a caixa ao derrotar Ares, o mal escapou e contaminou os deuses, enquanto que Kratos era dotado do poder de Athena. Athena novamente pede a Kratos seu poder de volta, acreditando que ela sabe que a melhor forma de usá-lo para reconstruir o mundo. Em vez disso, Kratos tira a própria vida com a Blade of Olympus, liberando a energia para toda a humanidade a usar. Enfurecida, Athena pensa que o mundo não vai saber o que fazer com a esperança, e sai do local esvaeçendo aos poucos. No chão, uma poça de seu próprio sangue, Kratos ainda tem lenta respiração. E lentamente, a câmera vai saindo do local e escurecendo, dando início aos créditos do jogo.
No final dos créditos, há uma pequena cena, onde Kratos já não está mais no local onde ele caiu, ao lado do Blade of Olympus, e apenas dá para se notar um pequeno rastro de sangue indo em direção a borda do abismo. Há muita especulação e mistério sobre essa cena, pois aonde Kratos supostamente "morreu", há um símbolo de uma ave talhado no local. Não se sabe ainda se a ave é uma águia, o símbolo de Zeus, ou se é uma Fenix, simbolizando sua reencarnação.
Principais Mortes (em ordem)
- Poseidon: Kratos acaba com ele torturando e finalizando-o enfiando os polegares em seus olhos, depois disso ele cai do abismo até chegar no mar. Com o Deus dos Mares morto, o nível do mar sobe perigosamente, a ponto de inundar quase todas as cidades, permanecendo apenas, as montanhas.
- Hades: Kratos tira a própria alma do senhor dos mortos com sua própria arma, as Claws of Hades (Garras de Hades). Sem o senhor do submundo, os mortos são soltos, fazendo com que perambulem pelo mundo procurando a redenção que nunca iram alcançar.
- Helios: Após ter a cabeça espancada e arrancada por Kratos, sem o Deus do Sol, para guiar o dia e a noite, o sol é bloqueado por um monte de núvens que encobre o mundo em chuva e em uma escuridão eterna.
- Hermes: Kratos arranca as duas pernas de Hermes, então, uma praga é liberada pelo mundo que assola todo o resto da humanidade.
- Hércules: Kratos mata seu próprio irmão Hércules, esmurrando-o no rosto várias vezes com a Nemean Cestus (Cestus de Neméia).
- Cronos: Kratos o mata usando a parte central que liga as correntes presas a ele, enfiando a em seu queixo, e finalizando-o com a Blade of Olympus cravada em sua testa.
- Hefesto (Hephaestus): Hefesto faz várias aparições no jogo, mas depois dele pedir a Kratos a Omphalos Stone, numa tentativa de poupar a vida de sua filha (Pandora), ele trai Kratos tentando matá-lo com o poder elétrico de seu anél, mas Kratos revida e acaba matando o senhor das forjas.
- Hera: Após Hera chamar Pandora de vadia na frente de Kratos, ele se enfuresse e segura no pescoço dela quebrando-o, matando assim Hera, e fazendo com que a vida das plantas se extinguisse e todas as plantas morressem.
- Gaia: Após trair Kratos, negando ajudar ele, Kratos considerou Gaia, e os titãs, seus inimigos também. Gaia morre ao ter a Blade of Olympus (Espada do Olimpo) cravada em seu coração, junto com Zeus.
- Zeus: Primeiro ele é transplantado com a Blade of Olympus em seu peito, depois Kratos tenta lutar com o espírito de Zeus, que acaba sendo derrotado e volta pro corpo novamente, e por fim, é esmurrado por Kratos severas vezes até que o jogador canse de apertar.
